眾所周知苗圃的助學善款跟運作經費是分開籌募的。大眾捐贈的一分一毫助學善款,均100%用於助學項目、用於受惠者身上,不能從中扣除任何百分比用作會方運作經費或活動經費。
但巧婦難為無米炊,有了助學善款亦需要運作經費來跟進助學工作。運作經費主要分為本會的行政開支包括租金、薪金、宣傳等,以及跟進助學項目的運作支出。雖然苗圃有大量義工協助,但義工的時間未必可以完全配合助學工作,本會職員便需要負責與資助地區作聯絡、項目跟進、實地考察等工作。運作經費向來較助學善款難於籌募,所幸多年來得到各名譽理事出手相助,默默的捐款支持本會。亦有一群熱心的單車義工,每年籌辦單車助學行活動為本會籌募經費。沒有運作經費,助學工作便難以推展,因此,支持本會的運作經費,亦是助學的一部份,是十分重要的捐助。
苗圃的善款運作一直公開透明,收支和審計報告公開在苗圃網頁予公眾查核。自成立至今,每年善款收支結算均依法例由德勤.關黃陳方(Deloitte Touche Tohmatsu)會計師行進行核數。