眾所周知苗圃的助學善款跟運作經費是分開籌募的。大眾捐贈的一分一毫助學善款，均100%用於助學項目、用於受惠者身上，不能從中扣除任何百分比用作會方運作經費或活動經費。
但巧婦難為無米炊，有了助學善款亦需要運作經費來跟進助學工作。運作經費主要分為本會的行政開支包括租金、薪金、宣傳等，以及跟進助學項目的運作支出。雖然苗圃有大量義工協助，但義工的時間未必可以完全配合助學工作，本會職員便需要負責與資助地區作聯絡、項目跟進、實地考察等工作。運作經費向來較助學善款難於籌募，所幸多年來得到各名譽理事出手相助，默默的捐款支持本會。亦有一群熱心的單車義工，每年籌辦單車助學行活動為本會籌募經費。沒有運作經費，助學工作便難以推展，因此，支持本會的運作經費，亦是助學的一部份，是十分重要的捐助。
苗圃的善款運作一直公開透明，收支和審計報告公開在苗圃網頁予公眾查核。自成立至今，每年善款收支結算均依法例由德勤．關黃陳方(Deloitte Touche Tohmatsu)會計師行進行核數。